An der Ostküste Siziliens zwischen Catania und Messina liegt Giardini Naxos in einer sichelförmigen Bucht an der Ionischen Küste. 
Im Nordosten vom Capo Taormina, im Süden vom Capo Schisò begrenzt, liegt der Golf von Giardini Naxos an den unteren Hängen der Peloritanischen Berge. Die spitz auslaufende Landzunge von Schisò entstand durch einen vorgeschichtlichen Lavastrom des Monte Mojo, ein Kraterkegel an den Hängen des Ätna, der entlang des Alcantara Tals bis ins Meer drang.